Secondo alcuni studi recenti e suffraggati da recenti inconfutabili, i primi insediamenti umani dell'attuale nel territorio di Civitavecchia risalgono all'epoca etrusca.
Successivamente le caratteristiche della costa, favorevole alla sosta e al ricovero delle navi furono sfruttate dai romani. All'imperatore Traiano, che in questa zona costruì una bellissima villa e pose mano al porto, viene tuttavia attribuita la costituzione di una città chiamata Centumcellae, con presidio militare e con attività commerciale. La città sicuramente prosperò (grazie anche all'avvento del cristianesimo con l'istituzione di una sede vescovile) nei secoli seguenti, fino a che le ripetute e devastanti incursioni saracene costrinsero i centumcellensi a rifugiarsi all'interno.
Con il cessare delle imprese saracene, nei ruderi dell'antico porto (Civita Vecchia) riprese lentamente la vita militare dapprima, commeciale poi ed infine i pontefici romani ne fecero un presidio importante.
Sorsero le prime grandi costruzioni legate all'attività portuale e alla difesa del commercio e della popolazione.
Alcune strutture sono rimaste vive ed in piedi fino all'ultimo conflitto mondiale durante il quale Civitavecchia venne distrutta quasi totalmente. Ma anche le strade del vecchio borgo, il forte del Bramante meglio conosciuto sotto il nome di Michelangelo, i resti delle poderose mura di difesa testimoniano l'antico splendore di Civitavecchia.
Nel dopoguerra le difficoltà della ricostruzione ne hanno tardato un pieno e complessivo sviluppo favorendo crescite incontrollate in alcuni settori. La città punta ora sulla riscoperta del ruolo di porto commerciale e turistico del Mediterraneo, sulla rivalutazione delle antiche Terme di Traiano, sulla valorizzazione della Ficoncella e sul decollo del turismo croceristico.